היתרונות של מיקרוסקופ אלקטרונים
הגדלה גדולה יותר
גודלו של חפץ שמדען יכול לראות דרך מיקרוסקופ אופטי מוגבל לאורך הגל הקטן ביותר של האור הנראה, המהווה כ -0.4 מיקרומטר. כל חפץ בעל קוטר קטן מזה, לא ישקף את האור ולכן לא יהיה גלוי במכשיר המבוסס עליו. כמה דוגמאות של חפצים קטנים כמו אלה הם אטומים, מולקולות וחלקיקים נגיפיים. מיקרוסקופי האלקטרונים יכולים ליצור דימויים של אובייקטים אלה משום שהם אינם תלויים באור הספקטרום הגלוי כדי לשקף אותם, אלא אלקטרונים בעלי אנרגיה גבוהה מוחלים על המדגם הנחקר; ההתנהגות של האלקטרונים האלה (איך הם משתקפים וחולקים על ידי האובייקט) מזוהה ומשמש ליצירת תמונה.
עומק שדה משופר
היכולת של מיקרוסקופ אופטי ליצור תמונות תלת ממדיות של אובייקטים קטנים מאוד מוגבלת. הסיבה לכך היא שאתה יכול להתמקד רק רמה אחת של שטח בכל פעם. מבט על מיקרואורגניזם גדול יחסית עם מיקרוסקופ זה מדגים את האפקט: שכבה של אורגניזמים תהיה ממוקדת, אך השכבות האחרות יהיו מטושטשות וממוקדות, ואולי אף יפריעו לחלק מהתדמית הממוקדת. מיקרוסקופי האלקטרונים מציעים עומק גדול יותר של שדה, כלומר מספר שכבות של שני ממדים באובייקט ניתן להתמקד באותו זמן, מתן תמונה כוללת של איכות תלת מימדי.
בקרת הגדלה עדינה
מיקרוסקופ אופטי אופייני יכול להתקרב רק ברמות בדידות. לדוגמה, מיקרוסקופים נפוצים בבתי ספר תיכוניים יכולים להגדיל עצמים ברמת 10x, 100x, 400x, ללא ערכי ביניים. זה לא צריך להיות מפתיע כי ייתכן אובייקטים מיקרוסקופיים אשר דמיינו טוב יותר עם הגדלה של 50x או 300x, אשר יהיה בלתי ניתן עם מיקרוסקופים אלה. מיקרוסקופים אלקטרונים, לעומת זאת, מציעים טווח נוח של הגדלות. הם יכולים להשיג זאת בגלל אופי "עדשות" שלהם, אשר האלקטרומגנטים אשר התקני הכוח שלהם יכול להיות מותאם מעט לשנות את המסלולים של האלקטרונים כי מכוונים את הגלאי כדי ליצור תמונה.