כיצד להמיר קובץ TXT ל FASTA

שלב 1

פתח את קובץ הטקסט עם רצף של חלבונים שברצונך לערוך בתוכנית עריכת טקסט כגון Notepad.

שלב 2

ערוך או הוסף את שורת התיאור כדי לעקוב אחר פורמט FASTA. לדוגמה, gi | 129295 | sp | P01013 | OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED) הוא שורת תיאור FASTA תקפה. שורה זו מספקת תיאור ייחודי עבור רצף הנתונים הבא. פורמט FASTA מחייב שימוש בסמל גדול מ (>), כך שהתוכנה יכולה לזהות את המידע התיאורי הייחודי ולהימנע מעיבוד התיאור כשורה של נתוני רצף החלבון.

שלב 3

לחץ על "Enter" כדי להוסיף קו שורה לאחר עריכת שורת התיאור.

שלב 4

ערוך או הוסף את הפורמט של קו הנתונים של רצף החלבון כך שיתאים לקוד הסטנדרטי של IUB / IUPAC. תקן IUB / IUPAC משתמש באותיות האלפבית כדי לייצג קודים מקובלים או רצפי חקירה עבור חומצות אמינו או חומצות גרעין בפורמט FASTA. לדוגמה, QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE מייצג קו רצף נתונים תקף מאז שהוא מתחיל באות "Q", המייצגת גלוטמין, ומסתיים באות "E", המייצגת גלוטמט.

שלב 5

הוסף שורות נוספות של רצפי נתונים, עריכת שורות קיימות או הוספת מעברי שורה לאחר 80 תווים לפי הצורך. הוספת סטנדרטים קו והפסקות שורה לזרם הנתונים FASTA מבטיח כי התוכנית עוקבת אחר ההוראות הקשורות גלוטמין, גלוטמט קודי אות אחרים. האותיות בתקן IUB / IUPAC הן פשוט הוראות לתוכנית המעבדת את הנתונים בפורמט FASTA.

שלב 6

לחץ על "קובץ", בחר ולחץ על "שמור" כפתור. קובץ TXT שלך כבר בתבנית FASTA.