חסרונות של תוכנת הנהלת חשבונות
אובדן מידע או שירות
כאשר חברה תלויה בתוכנה חשבונאית, כל אובדן שירות עקב הפסקת חשמל או כיבוי המחשב עלול לגרום להפסקה בעבודה. הפרעות בעבודה יכולות לעצור את כניסתם של מידע חדש וכן גישה לאחת שכבר מאוחסנת. נוסף על כך, אם המידע אינו מוגן כראוי, הפסקת חשמל של המחשב יכול ליצור את אובדן הנתונים הכספיים.
מידע שגוי
המידע של מערכת חשבונאית תקף רק כאשר הוא נכנס למערכת. מאחר שרוב המערכות דורשות הזנת נתונים ידנית, התוצאות הכספיות עשויות להיות שגויות, אלא אם כן כל המידע שהוזנה נבדק. אם קיימת נטייה לעיין רק בדוחות הכספיים או בביצוע מערכת חשבונאית, ייתכן שיהיה קשה למצוא מידע שגוי.
תצורת המערכת
לכל חברה יש היבטים ייחודיים שיכולים ליצור קשיים כאשר מנסים להתאים חבילת תוכנה חשבונאית גנריות לצרכיהם. למרות שההתאמה האישית זמינה עבור תוכניות רבות, היא יכולה ליצור תקופות של חוסר פעילות ושגיאות אפשריות אם היא לא נעשית כהלכה. בנוסף, ככל שהחברה צומחת, ייתכן ויהיה צורך לשנות חבילות תוכנה חשבונאיות; זה יכול לגרום הפרעה גדולה, שכן המידע חייב להיות היגרה הכשרה חדשה נדרשת עבור כוח האדם.
עלות
חסרון של תוכנה חשבונאית היא העלות הכרוכה. מעבר ההוצאה לקנות את זה, יש את העלות של תחזוקה, התאמה אישית, הדרכה וחומרה של המחשב. למרות חיסכון בזמן יכול להצדיק את העלות, עבור כמה עסקים זה עלול לקחת שנים להשקעה של תוכנת הנהלת חשבונות לשלם עבור עצמו.
הונאה
המידע המאוחסן בצורה אלקטרונית יכול להיות מניפולציה וקל לגשת אם הבקרות המתאימות ואת אמצעי האבטחה אינם בשימוש טוב. פקדים קפדניים נחוצים כדי להבטיח כי רק אנשים מורשים להשתמש בתוכנות חשבונאות יש גישה לדוחות. מאז מידע פיננסי יכול להיות רגיש וסודי, באמצעות תוכנה חשבונאית משאיל את עצמו על הסיכון של הונאה.